Первыми жителями Перу были кочующие охотники-собиратели, обитавшие в пещерах прибрежных районов. Наидревнейшее место - пещера Пикимачай, датируемая 12000 гг. до н.э. Хлопок, фасоль, тыкву, жгучий перец сажали уже в 4000 гг. до н.э. Более поздние культуры, например, Чавин, изобрели плетение, развили сельское хозяйство, создали религию. Около 300 г. до н.э. чавины неожиданно исчезли, но в течение последующих тысячелетий развивались другие культуры, включая Салинар, Наска, Паракас и Уари. К 15 веку н.э. во всем районе господствовала Инкская Империя, распространяя свое влияние на Колумбию и Чили.

Между 1526 и 1528 годами испанский конкистадор Франсиско Писарро исследовал побережье Перу. Привлеченный богатством Инкской Империи, он вернулся в Испанию, чтобы получить экономическую поддержку и людей для последующего изучения страны. И он вернулся в Кахамарку на севере Перу, где пленил и казнил инкского императора Атауальпу в 1533 году. Писарро основал город Лиму в 1535 году, а спустя 6 лет был убит. Восстание последнего инкского императора Манко Инки закончилось его обезглавливанием в 1572.

Последующие 200 лет были мирными, и Лима стала важным политическим, социальным, коммерческим центром для андских народов. Но эксплуатация индейцев колониальными хозяевами привела к восстанию в 1780, начатому инком Тупаком Амару II. Мятеж был коротким и закончился тем, что все участники были схвачены и казнены. Перу продолжало быть лояльным к Испании до 1824 года, пока в страну не пришли два освободителя: венесуэлец Симоном Боливар и аргентинец Хосе де Сан Мартин. В 1866 году Перу победило в короткой войне с Испанией, но проиграло сражение с Чили в "Войне Тихого океана" (1879-1883 г.), закончившейся потерей богатых соляных копей в северной пустыне Атакама. Перу также воевало с Эквадором в 1941 году из-за спорных границ. По "Соглашению Рио де Жанейро 1942 года" Перу получило район севернее реки Мароньон, но это не понравилось Эквадору.

Восстания бандитов в 1965 году закончились крахом, но ряд забастовок вместе с нападениями маоистской группировки "Сияющий путь" привел к политической неустойчивости в 1980-х годах. Еще одна группировка, "Революционное движение Тупак Амару" (РДТА), выдвинулась в это же время. С 1990 года, после победы на президентских выборах Альберто Фухимори над перуанским писателем Марио Варгасом Льосой, а также после ареста вдохновителей РДТА и лидеров "Сияющего Пути" в 1992 году, перуанцы надеются на долгий период мира.

Самая большая угроза стабильности в стране - безработица и нищета, несмотря на быстро развивающуюся экономику. Фухимори остался на второй срок в апреле 1995 года, победив бывшего Генерального секретаря ООН Хавьера Переса де Куельяра. В 1998 году было подписано соглашение с Эквадором, мирно решившее 57-летнюю проблему о границе и создавшее основу для увеличения иностранного финансирования в обеих странах. В ноябре 1999 года Перу и Чили договорились о своей границе, а именно о важном торговом районе Арике.

Мир наблюдал выборы в апреле 2000 года, как Алехандро Толедо, будучи андским индейцем из бедной семьи и став экономистом Мирового Банка, сражался с дважды избранным Президентом Альберто Фухимори. Всего за одну неделю до выборов Толедо подал официальное письмо в Национальный избирательный комитет о том, что выборы коррумпированы, привлекая внимание Организации Американских Государств (ОАГ) к процессу. Она объявила, что Национальному избирательному комитету нужно больше времени, чтобы разобраться в "недостатках" избирательного процесса. Толедо попросил своих сторонников написать "Нет Обману" на бюллетенях, а сам снял свою кандидатуру.

Фухимори стал победителем в этих скандальных и фальшивых выборах. Но он ушел в отставку во время своего третьего срока в ноябре и сбежал в Японию после того, как был обвинен главой Комитета национальной безопасности Владимиро Монтесиносом в нарушениях прав человек и коррупции.