Коренными жителями восточного Парагвая были полукочевые племена гуарани. Несколько охотничьих племен-гуйакуру, населяли область Чако. В 1524 году Альехо Гарсия первым из европейцев решился пересечь восточный Парагвай с помощью проводников из племени гуарани. Тремя годами позже, Себастиан Кабот поднялся вверх по реке Парагвай, но не основал ни одного поселения. Педро де Мендоса обосновался в Асунсьоне после того, как сбежал из Буэнос-Айреса. Колония быстро развивалась и стала ядром испанских поселений в юго-восточной части Южной Америки. Испанцы постепенно переняли обычаи, культуру и традиции коренного населения этих мест. Через некоторое время сформировалось общество испанцы-гуарани, где испанцы доминировали в политике, а потомки смешанных браков - метисы перенимали испанские культурные ценности.

Колонизация также означала, что миссионеры-иезуиты были направлены в эти земли чтобы приобщить индейцев к своей вере и цивилизации. Этим они и стали заниматься с большим рвением и умением. Индейцы были вынуждены покинуть свои земли и переселиться в редуксионес (reducciones), теократические сообщества, где они помогали стоить церкви, совершенствуясь в строительстве каменных домов, скульптуре и живописи и иногда получая классическое образование. После изгнания миссионеров в 1767 году, поселения стали увядать, индейцы разбежались или были наняты различными мастерами.

Парагвай объявил о своей независимости в 1811 году. Испания этому не воспротивилась. В течение нескольких лет страна находилась под управлением Хосе Гаспара Родригеса де Франсиа, также известного как "Эль-Супримо". Он закрыл границы страны и начал продвигать политику самодостаточности (иногда даже принуждая испанцев из высшего класса вступать в браки с метисами). Были конфискованы земли землевладельцев, купцов и церкви. Он умер в 1840 году и его останки были позднее эксгумированы и сброшены в реку. Преемник Франсиа, Карлос Антонио Лопес покончил с изоляцией Парагвая и начал модернизацию страны. К несчастью, у него был психически неуравновешенный сын, который привел страну на грань катастрофы, начав Войну Тройного Альянса (1864-70) против Аргентины, Уругвая и Бразилии. После окончания войны Парагвай потерял 150000 кв.км свое территории и почти четверть своего населении, включая Лопеса-младшего.

После войны, сельскохозяйственный сектор Парагвая был реанимирован новой волной иммигрантов из Европы и Аргентины, но в стране сохранялась политическая нестабильность. На рубеже веков возникли пограничные конфликты с Боливией, после того, как она оккупировала регион Чако. Перспектива добычи нефти в данном регионе (залежи которой потом были признаны несуществующими) втянули эти две страны в войну в 1932 году. Боливийская армия была вытеснена с большей территории Чако и было подписано соглашение, по которому Парагвай имел право на три четверти территории.

Парагвайская политика стала более бурной после войны Чако, а после короткой гражданской войны в 1949 году к власти пришла Партия Колорадо. В 1954 году после военного переворота Генерал Альфредо Строесснер стал президентом. A Этот тщеславный человек с взрывным характером использовал пытки, убийства, политические чистки и фальсифицированные выборы для того, чтобы продержаться на своем посту 35 лет. Диктатор был свергнут в 1989 году и ему на смену пришел Генерал Андрес Родригес. Несмотря на постоянный скептицизм по отношению к его намерениям, из-за того, что он был правой рукой Строесснера, в стране был отменен комендантский час, устранена цензура, были легализованы оппозиционные партии и реабилитированы политические заключенные.

Парагвай наслаждался увеличением политической стабильности до выборов в 1993 году Хуана Карлоса Васмоси, бывшего члена партии Строесснера, чье правление ознаменовалось большим количеством забастовок. Васмоси был причастен к делам теневого бизнеса, связанных с крупными проектами гидроэлектростанций в Парагвае.

В мае 1998 года Партия Колорадо подтвердила свою власть избранием на пост президента Рауля Кубаса, инженера-электрика, который стал основным кандидатом Партии после того, как первоначальный кандидат Генерал Лино Оливеда был заключен в тюрьму по обвинению в подготовке восстания против Васмоси в 1996 году. Позднее Кубас тоже подвергся нападкам и был обвинен в злоупотреблении своими полномочиями после того, как он освободил из тюрьмы Оливеду, хотя Верховный Суд настаивал на его дальнейшем тюремном заключении. Когда Вице-президент Луис Аргана был застрелен убийцами в марте 1999 года, многие связали Кубаса и Оливеду с убийством Арганы и Кубас был вынужден уйти в отставку. Луис Гонсалес Макчи, бывший президентом Сената, принял присягу, а Кубас и Оливедо попросили политического убежища в соседних странах.