Аборигены Малайи (оранг азли) начали переселяться на полуостров Малайзия с юго-запада Китая около 10 000 лет назад. Полуостров находился в составе империи Фунан (с центром в Камбодже), империи Шривиджайа (с центром в Суматре) и империи Маджапахит (с центром на острове Ява), пока в Малакке в 1405 году не появились китайцы. В то же самое время в Малакке появился Ислам и начал стремительно распространяться. Богатство Малакки вскоре привлекло европейцев, и в 1511 году пришли португальцы. А в 1641 - их сменили голландцы. Британцы основали порт в Пинанге в 1786 году, а в 1795 году захватили Малакку.

Британцы превратили полуостровную часть Малайзии в свою колонию, когда там было найдено олово. Восточная Малайзия перешла в руки британцев при участии Чарльза Брука (он был назначен Раджой Саравака в 1841 году после подавления мятежа против Султана Брунея) и Северной Компании Борнео (она управляла провинцией Саба с 1882 года). После Второй Мировой Войны Великобритания официально управляла и Сабой и Сараваком. Недостаточные людские ресурсы были не в состоянии обеспечивать развивающееся производство резины и олова, поэтому британцы ввозили в страну огромное количество индусов, тем самым еще больше деформируя национальный состав страны.

Япония захватила Малайю во время Второй Мировой Войны. Партизаны-коммунисты, которые боролись против японцев во время оккупации, начали вооруженную борьбу против британского правления в 1948 году, и Малайя получила независимость в 1957 году. Саба, Саравак и Сингапур объединились с Малайей и образовали Малайзию в 1963 году, но двумя годами позже Сингапур вышел из конфедерации. Образование Малайзии вызывало недовольство и Филиппин и Индонезии, так как обе эти страны претендовали на территорию Восточной Малайзии.

Напряженность обострилась в 1963 году во время "Конфронтации" с Индонезией. Индонезийские войска пересекли границы Малайзии, но были отброшены силами Малайзии и Содружества. В 1969 году вспыхнул конфликт между Малайзией и Китаем, но нужно сказать, что после этого различные этнические группы жили в относительном мире между собой. С 1974 года у власти в стране была Объединенная Малайская Национальная Организация. Премьер-министр доктор Махатир Мохамад, который стремится укрепить своё влияние на международной арене как паназиатский лидер, успешно руководил страной с процветающей экономикой, до кризиса 1997 года, вызвавшем обвал азиатских национальных валют.

В сентябре 1998 года в стране проходили Игры Содружества, но её авторитет перед международным сообществом был поставлен под угрозу, когда начались студенческие и всеобщие демонстрации протеста против незаконного задержания и заключения под стражу заместителя премьер-министра Анвара Ибрагима. Продолжающиеся уличные выступления, призывающие к отставке доктора Матахира Мохамада подорвали репутацию Малайзии как одной из самых политически стабильных стран Юго-восточной Азии. К началу 21 века социальное недовольство слегка утихло, и экономика Малайзии стала медленно ползти вверх, хотя она все еще остается слегка неустойчивой.