Малагасийцы, смесь азиатов и африканцев появились на Мадагаскаре 1500-2000 лет назад, хотя существуют теории о более ранней цивилизации острова. Большинство переселенцев были малайцы и полинезийцы, которые приплыли сюда из Индонезии и Юго-Восточной и Восточной Африки через Индийский океан. Африканские рабы, арабы, индийские и португальские торговцы, европейские пираты и французские колонисты, смешиваясь, образовали 18 «племен» или кланов, населяющих остров в настоящее время. Первые малагасийцы принесли с собой свои традиции Юго-Восточной Азии, и поэтому Мадагаскар до сих пор радующий глаз своими рисовыми полями, скорее напоминает азиатскую, чем африканскую страну.

Марко Поло сообщил о существовании Мадагаскара после одного из своих путешествий, и этот остров был известен арабским картографам. Первыми европейцами, прибывшими на остров, стали португальцы флота под командованием Диего Диаса в 1500 году. В следующие несколько столетий португальцы, голландцы и британцы безуспешно пытались основать на острове постоянные поселения, и в 17 веке пираты преуспели там, где законные правительства потерпели поражение. Пираты поспособствовали увеличению населения и богатства острова. А когда в Карибском регионе пиратство было объявлено вне закона, более 1000 английских, французских, португальских, голландских и американских пиратов обосновались на восточном побережье Мадагаскара. Они стали использовать остров, в качестве удобной позиции для нападений на суда, огибающие мыс Доброй Надежды.

С развития торговли оружием и рабами с европейцами началось становление малагасийских королевств, и по всему острову возникали мелкие государства. К концу 18 века клан Мерина занял господствующую позицию на острове. По соглашению 1820 года Великобритания признавала Мадагаскар независимым государством под управлением клана Мерина. К 1883 году британцы потеряли к острову интерес, и французы фактически остались единственной серьезной европейской силой в регионе (в обмен на признание Францией британского суверенитета в Занзибаре).

Французы высадились на западном побережье острова в 1895 году, подавили сопротивление Мерины и сформировали колониальную администрацию во главе с первым генерал-губернатором Жозефом Гальени. Он отправил Королеву Ранавалону III в ссылку в Алжир в 1897 году, что стало отменой монархии на острове. Генерал-губернатор попытался искоренить британское влияние на острове и сделал французский официальным языком острова взамен малагасийского. Хотя французы отменили рабство «на бумаге», оно продолжало существовать практически в виде налогового режима, по которому если человек не мог платить, он отправлялся на принудительные работы. Земли острова находились во владении иностранных колонистов и компаний, а экономика Мадагаскара базировалась на выращивании кофе.

Во время Второй мировой войны британцы обосновались на острове, чтобы помешать японцам использовать его в качестве военно-морской базы в Индийском океане. Британцы вернули Мадагаскар де Голлю в 1943 году. После войны многие малагасийцы, получившие образование по французским стандартам и узнавшие очень много о свободе и равенстве, больше не захотели быть людьми второго сорта в собственной стране. Революция 1947 года унесла жизни 80000 малагасийцев, но первые плоды был брошены.

В 1950-е гг. было основано несколько местных политических партий, и когда де Голль вернулся к власти во Франции в 1958 году, малагасийцы на референдуме проголосовали за автономию республики в составе Французского сообщества бывших колоний. В 1960-е гг. на Мадагаскаре начался мирный переход к независимости, хотя кононы, как называли здесь французских переселенцев еще держали рычаги управления страной в своих руках. Филиберт Тсиранана, первый президент, стал более деспотичным, и хотя он был из клана Мерина (который, в основном, находился в хороших отношениях с Советскими странами), он отказался наладить отношения с коммунистическими странами. Он жестоко подавил революцию на юге страны в 1972 году, которая стала предшественником его падения. А вскоре после этого он передал убавление страной главнокомандующему своей армии Генералу Габриэлю Рамантсоа.

После получения Мадагаскаром независимости его экономическое положение начало ухудшаться. Быстрая смена нескольких военных президентов, один из которых был убит после недели правления, не могла удержать экономику от краха. Новая группа офицеров под предводительством Адмирала Дидье Ратсираки провела национализацию крупнейших сфер бизнеса и банков в стране без какой-либо компенсации. После чего французы забрали свои деньги и технологии и покинули страну.

К концу 1970-х гг. Мадагаскар практически утратил связи с Францией и правительство укрепило отношения с коммунистическими странами, а Ратсирака создал собственную «красную книгу» по теории политики. Возрастание внешнего долга в 1981-82 гг. привело к замедлению реформ и к принятию мер ВМФ. Который требовал выплаты по займам. Экономическая ситуация несколько улучшилась благодаря программа МВФ, но ненадолго. Ратсирака выиграл выборы в марте 1989 года используя нечестные методы, что привело к массовым выступлениям. В 1991 году демонстрации мирных жителей были расстреляны президентской гвардией, прошедшей обучение в Северной Корее прямо перед новым президентским дворцом Ратсираки (построенным с помощью Северной Кореи).

В начале 1990-х гг. сильно проявлялось общественное беспокойство. После четырех лет правления Профессора Альберта Зафу, который не смог объединить страну и покончить с бюрократическим бездействием, в 1996 году Ратсирака вновь вернулся к власти. Изучение общественного мнения показало, что из 6,5 миллионов активных избирателей мало кто доверяют кандидатам в президенты. Ратсирака подписал контракты с МВФ и Всемирным Банком, что привело к приватизации нескольких важнейших секторов экономики и нарастанию инфляции.

Недовольство правлением Ратсираки привело к образованию оппозиционных сил во главе с Марком Раваломананой, мэром Антананариву. Результаты президентских выборов в декабре 2001 года были спорными, и Ратсирака и Раваломанана настаивали на своей победе.

Раваломанана объявил себя президентом в феврале 2002 года и обосновался в столице страны – Антананариву, в то время как Ратсирака и его сторонники заняли портовый город Таматаве. Раваломанана окончательно покончил со своим оппонентом на выборах в декабре 2002 года.