По всеобщему мнению, первые жители Индонезийского архипелага были выходцами из Индии и Бирмы. В 1890 году останки Человека с Явы (homo erectus), пролежавшие 500 000 лет, были найдены на востоке Явы. Более поздние иммигранты пришли с юга Китая и полуострова Индокитай и начали расселяться по архипелагу к 3000 г. до н. э. К концу 7 века на Яве и Суматре появились выходцы из могущественных государств: Буддистской империи Шривиайа и Индуистского королевства Матарам. Последнее индуистское королевство, владевшее островами - Маджапахит, относящееся к 13 веку. Последующее распространение ислама на территории архипелага в 14 веке заставило индуистов в 15 веке отступить в Бали.

К этому времени сформировалось сильное мусульманское государство с центром в Мелаке (Малакка) на полуострове Малай. Его могущество было недолгим и закончилось в связи с захватом территории португальцами в 1511 году. Португальцев сменили голландцы, которые начали проникать во внутренние районы страны. К середине 18 века голландская компания Датч Ист Индия Кампани обосновалась в Батавии (Джакарта), взяв в свои руки торговлю специями и контролируя остров Ява. С начала 19 века голландцы взяли контроль над островами, и к началу 20 века вся территория архипелага, включая Асеа и Бали, была под их контролем.

Развивающийся национализм в сочетании с японской оккупацией архипелага во время Второй Мировой войны подорвали влияние голландцев, и в конце концов в 1949 году новая Индонезийская республика обрела суверенитет. Ахмед Соекарно, активный сторонник самоуправления, стал президентом страны с 1920 года. В 1957 году после небольшого периода парламентарной демократии Соекарно распустил парламент, провозгласил военное положение и установил самодержавный стиль правления под названием "Управляемая демократия". Находясь у руля власти, Соекарно, как и многие другие похожие на него военные лидеры, старался консолидировать свою власть путем строительства многочисленных памятников и социализации экономики, но этот шаг, как ни парадоксально, привел к возникновению огромной пропасти между имущими и неимущими, а большинство населения - к крайней нищете и голоду. На Суматре и Сулавеси вспыхнули восстания; Малайзия и Индонезия были на грани вооруженного столкновения; нестабильность во всех сферах жизни была главной темой дня. Всё это привело к попыткам переворота в 1965 году, который был назван "Годом жизни в опасности".

В тот момент Соекарно удалось удержать власть, но позднее, в 1966 году, человек, ответственный за подавление мятежа, генерал Суэхарто захватил власть. Он начал свое правление с политической реконструкции, но обещания провести экономическую реформу и перестройку управления не были выполнены, и постепенно все вернулось в прежне русло. Деспотизм, местничество, огромные траты из казны и кровавая резня националистов Восточного Тимора в Дилли в 1975 году доказали, что все обещания были пустыми словами. В марте 1998 года Суэхарто утратил всякую связь с народом, и, возможно, зная, что пишут о нем на стенах домов, решил остаться на своем посту ещё на пять лет. Но его намерения не могли воплотиться в жизнь, и в мае этого же года он был смещен со своего поста, а его место занял вице-президент Юсуф Хабиби.

Хабиби, который никогда не был популярен, начал с тех же обещаний о реформах, что и его предшественник, и даже был готов признать независимость Восточного Тимора, но было слишком поздно. Бескомпромиссная борьба Восточного Тимора вызвала цепную реакцию религиозной вражды, студенческих протестов и усиливающихся требований независимости, которые вспыхивали подобно пожару на Амбоне, Калимантане и Ириан Джайя. Группы народной милиции, которые контролировались и вооружались индонезийскими военными, начали неистовствовать в Западном Тиморе после того, как его жители проголосовали за независимость в 1999 году. Были привлечены силы местной полиции и армия, чтобы подавить сопротивление протестующих народных масс, студенческие демонстрации расстреливались на улицах, и вся страна катилась в пропасть.

После долгих переговоров по поводу соблюдения международного протокола к разрешению конфликта подключились ООН и Австралия, причем ООН послала символический контингент миротворческих войск, а Австралия - внушительную группу войск в Восточный Тимор. Индонезия была возмущена, поскольку считала это актом агрессии и вмешательством во внутренние дела; далее последовала серия напряженных столкновений на самом высоком уровне, перемежающихся официальными улыбками. Были применены скрытые угрозы и контр-угрозы, но ни одна из них не была осуществлена. После того, как наконец-то улеглась пыль, Восточный Тимор получил независимость на фоне собственных руин; Хабиби был отстранён; его место занял Абдуррахман Вахид, первый демократически избранный президент. Генерал Виранто, глава Индонезийской Армии, был также отстранен; члены народной милиции растворились на улицах Джакарты; состояние рупии было критическим; отношения между Индонезией и Австралией все ещё оставались напряженными, но постепенно выравнивались.

23 июля 2001 года Народная Консультативная Ассамблея сместила президента Вахида и провозгласила действующим президентом бывшего вице-президента Мегавати Сукарнопутри. Учитывая, что Индонезия находится в зоне многочисленных кризисов, среди которых "Война с терроризмом", атаки в октябре 2002 года на Аче, Западную Папуа и Бали, Мегавати предстоит много работать.